手指甲变得凹凸不平可能有多种原因，包括外伤、营养不良、真菌感染、甲周炎、系统疾病和药物因素等。
1、外伤：物理性的外伤如指甲受撞，长时间的水浸，或频繁使用指甲油、清洁或挖掘甲沟等都可能对指甲造成损伤，使其表面变得凹凸不平。
2、营养不良：如果平时有偏食或挑食的情况，可能会导致蛋白质、铁、锌、维生素A、维生素B群等营养元素缺乏，进而影响甲母质细胞功能，致使指甲变得凹凸不平。
3、真菌感染：真菌感染可能会破坏指甲结构，使指甲颜色发黄或增厚，并导致指甲凹凸不平，严重者可能出现指甲翘起或脱落的现象。
4、甲周炎：甲周炎会对甲母质细胞功能造成一定影响，从而导致指甲变得凹凸不平。
5、系统疾病：高热后，指甲可能会变得凹凸不平；银屑病侵犯指甲可表现为点状凹陷，使指甲凹凸不平；肝病、肾病、甲状腺疾病等内脏疾病可能会反应在指甲上，使指甲表面凹凸不平。
6、药物因素：特别是化疗药物，可通过血液循环到达指甲，影响到甲母质的细胞功能，导致长出来的指甲凹凸不平。
总的来说，指甲的健康对于人体非常重要，需要保证均衡的营养摄入、避免外伤，并定期观察指甲的状态变化。如果指甲持续保持凹凸不平或者出现其他异常，如颜色改变、厚度增加等，建议尽快到医院皮肤科就医以便得到适当的诊断和处理。