黄连上清片具有较好的散风清热，泻火止痛的功效，但是有些患者不适合使用或者需要在医生指导下使用。黄连上清片不适用于平时大便稀、不成形、胃痛、腹痛、手脚冰凉等脾胃虚寒的患者，这些患者服用后可能会加重恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适症状。乏力、懒惰、入睡后异常出汗、颧骨发红等阴虚火旺的患者不适合使用本品。孕妇，儿童需要在医生的指导下服用。有高血压、心脏病、糖尿病等慢性病的患者不要自行使用本品，有不适症状时，应及时咨询医师，在医师指导下用药治疗。
服用本品期间，不要同时服用温补类药物，如人参、黄芪、党参、阿胶等，以免影响药物的疗效，也不要吃油炸、辛辣食物，并且需要戒烟戒酒。如果服药三天症状还不见好转，需要咨询医生或到医院就诊，不要再盲目用药，以免耽误治疗。