附子理中丸具有温中健脾的功效，用于脾胃虚寒或者脾肾阳虚所导致的腹部冷痛、腹泻（遇凉后腹痛腹泻加重，遇暖可有所缓解），以及呕吐、大便稀薄、手脚发凉等。在西医中，可用于治疗消化系统疾病，如功能性消化不良、慢性胃炎、慢性结肠炎等，还可用于特发性水肿、口腔溃疡，以及顽固性呃逆等，但需要注意的是出现上述疾病的患者需要在医生的指导下用药。
感冒发热的患者应暂停使用本品，因为附子理中丸含有的附子、干姜属于辛温药，而感冒一般属于“寒包火”病理状态，此时服辛温药，内热加剧，不利于感冒的痊愈；高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，不应擅自用药，应在医师指导下服用；孕妇需要考虑药品可能对胎儿造成的潜在不良影响后，再决定是否用药；哺乳期妇女和儿童需要在医师指导下用药；呕吐腹泻严重者，应及时到医院就诊，不适合用该药治疗；附子理中丸不可以久服，所以请按照用法用量或者医嘱用药，如果服药2周，症状未缓解，应及时咨询医师；服药期间忌食不易消化的食物。
中医讲究辨证论治，只有恰当的使用药品才可以达到治疗的目的，所以您在用药前一定要明确自己是否适合服用附子理中丸，如果自己不能判断，建议在医师或者药师指导下用药。