首先是组成不同，附子理中丸由附子、干姜、党参、麸炒白术、甘草组成，而人参健脾丸由人参、白术、茯苓、山药、黄芪、木香、陈皮、砂仁、炙当归、炒酸枣仁、制远志组成。
其次，功效和作用也存在差异。虽然两者都可以用于治疗脾胃虚弱，但附子理中丸用于脾胃虚弱兼寒邪犯胃，具体表现有腹部冷痛，热敷或者喝热饮疼痛可有所缓解，遇凉则腹痛腹泻加重，以及手脚冰凉等。人参健脾丸通常没有寒热之分，更适用于治疗脾胃虚弱、气滞、脾不运化所导致的消化不良、食欲不振、腹胀、倦怠等。
中医讲究辨证论治，只有恰当的使用药品才可以达到治疗目的，所以您在用药前一定要明确自己适合服用哪种药品，如果自己不能判断，建议在医师或者药师指导下用药。