首先是组成不同。附子理中丸由附子、干姜、党参、麸炒白术、甘草组成，而补中益气丸由炙黄芪、党参、炒白术、炙甘草、当归、陈皮、升麻、柴胡组成。
其次，功效和作用也存在差异。两者都可以用于治疗脾胃虚弱，但附子理中丸用于脾胃虚弱兼寒邪犯胃，具体表现有腹部冷痛，热敷或者喝热饮疼痛可有所缓解，遇凉则腹痛腹泻加重，以及手脚发凉等。补中益气丸主要用于脾胃气虚下陷所导致的各种症状，如腹泻、脱肛、阴挺，具体表现为倦怠乏力、食少腹胀、大便不成形、久泻不止、肛门下坠或脱肛、自觉阴道有块状物脱出、阴道坠胀等。
中医讲究辨证论治，只有恰当的使用药品才可以达到治疗目的，所以您在用药前一定要明确自己适合服用哪种药品，如果自己不能判断，建议在医师或者药师指导下用药。