二甲硅油乳剂可能会引起头痛，但发生率较低，其发生率一般小于0.1%，其严重程度一般也为轻中度，通常不影响继续用药。若患者还在使用其他药物，应咨询医师，根据患者的具体用药情况，判断可能导致头痛的具体药物，抑或是由于其他情况所引起的，情况严重时，可在医生指导下进行对症处理。
二甲硅油进入体内后并不被吸收，也不产生全身性的药理作用，只在局部作用于泡沫，所以通常不会引起明显的不良反应。个别患者可出现胃部不适、腹泻、腹痛、呕吐、恶心、胃部发胀、食欲不佳、头痛等症状，通常不影响继续使用。如果患者在服本品期间出现了明显不适或异常，很有可能是身体出现其他疾病的表现，要积极就医治疗。