开塞露为局部用药物，副作用较小，只对直肠周围有一定刺激作用。但如果频繁使用开塞露，会对直肠粘膜造成损伤，导致黏膜水肿、出血，或使得直肠黏膜干燥、不能正常分泌黏液，进而加重便秘。
而且长期使用开塞露会压抑排便反射，使直肠对粪便更加不敏感，对开塞露形成依赖，不利于形成生理性的排便反射。比如像1周岁以下的宝宝出现便秘，反复使用开塞露就会影响宝宝的排便习惯，使宝宝没有自主排便的意识，越来越依赖开塞露。
开塞露仅能用于解决临时排便困难，并不能从根本上解决便秘，如果反复出现便秘的情况，就需要及时就医治疗。平时可以通过饮食调理，例如多吃粗粮，多吃芦荟、蘑菇、蜂蜜、香蕉等润肠道的食物来促进排便。