知柏地黄丸是在六味地黄丸的基础上加入了知母、黄柏两味药物，所以两药在功效、适应症、禁忌症上会有一定的区别。
从功效来看六味地黄丸滋阴补肾，知柏地黄丸是由六味地黄丸加知母，黄柏而来，较六味地黄丸而言，滋阴清热的作用更强，在滋阴补肾的同时还能够消除由于阴虚产生的虚热。因此只出现头晕耳鸣、腰膝酸软、遗精、睡觉时异常出汗等肾阴虚表现的患者，可以服用六味地黄丸。如果您不仅有肾阴虚的表现，还出现了虚热的症状，比如小便量少且颜色较深、颧骨红、口干咽痛等，这时您可以服用知柏地黄丸。
两种药物都不能在感冒期间服用，儿童、孕妇、哺乳期妇女，高血压、糖尿病、肾病等慢性病患者需要在医生的指导下用药。另外知柏地黄丸为清虚热药物，所以不适用于出虚汗、面红、大便秘结、口渴喜饮等气虚发热或实热症状的患者；也不适用于有食欲不振、腹胀、打嗝、便秘等气滞症状的患者。