知柏地黄丸和杞菊地黄丸两药在药物组成、功效、适应症、禁忌症上都有一定的区别。
两种药物都是在六味地黄丸的基础上加入了新的药味，知柏地黄丸在六味地黄丸的基础上增加了知母、黄柏，杞菊地黄丸在六味地黄丸的基础上增加了枸杞、菊花。两药都具有滋补肾阴的功效，此外知柏地黄丸还可以清除阴虚导致的虚热，杞菊地黄丸可以滋补肝阴。因此按时发热或按时发热加重、睡觉时异常出汗、口干咽痛、耳鸣、遗精、小便量少且颜色较深等阴虚火旺的患者适合使用知柏地黄丸；眩晕耳鸣、眼睛干涩、迎风流泪、头眼昏花等肝肾阴亏的患者适合使用杞菊地黄丸。
两种药物都不能在感冒期间服用，儿童、孕妇、哺乳期妇女，高血压、糖尿病、肾病等慢性病患者需要在医生的指导下用药。知柏地黄丸为清虚热药物，所以不适用于出虚汗、面红、大便秘结、口渴喜饮等气虚发热或实热症状的患者；也不适用于食欲不振、腹胀、打嗝、便秘等气滞症状的患者。