知柏地黄丸和其他中药或中成药之间不存在“十八反”、“十九畏”的配伍禁忌，但一般也不建议和其他药物同时服用，需要合并用药时必须先咨询医生才能使用。
现代药理学研究表明，知柏地黄丸中的山茱萸会影响多西环素、异烟肼、克林霉素的吸收，应该避免合用；山茱萸还会使磺胺类药物析出结晶，导致结晶尿、血尿，也要避免使用；知柏地黄丸与苯丙胺、硝酸甘油、乳酶生合用会降低药物疗效，也不适宜合用；本品含有泽泻，与保钾利尿药合用可能会导致高血钾，合用时需注意。
此外，高血压、心脏病、肾炎等慢性病的患者，用药前需要将自己近期的用药情况告诉医生，在医生的指导下用药。本品为滋补肾阴的药物，因此不要和同类型的药物同时使用，比如六味地黄丸、杞菊地黄丸等，以免增加出现不良反应的风险。