个别患者使用注射用胸腺五肽后可能出现恶心、发热、头晕、胸闷、无力等不良反应，少数患者偶有嗜睡感。慢性乙型肝炎患者使用本品时可能使得ALT水平短暂上升，如无肝衰竭预兆出现，仍可继续使用本品。患者用药期间应定期监测肝功能。
注射用胸腺五肽用于改善恶性肿瘤病人因放疗、化疗所致的免疫功能低下。还可用于18岁以上的慢性乙型肝炎患者（因18岁以后胸腺开始萎缩，细胞免疫功能减退）、各种原发性或继发性T细胞缺陷病、某些自身免疫性疾病（如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）、各种细胞免疫功能低下的疾病，以及肿瘤的辅助治疗。
本品为免疫调节药物，具有诱导T细胞分化、促进T淋巴细胞亚群发育、成熟并活化的功能，并能调节T淋巴细胞亚群的比例，使其趋于正常。在机体中，胸腺五肽通过提高cAMP水平，促进T细胞分化，并与T细胞特异受体结合，使细胞内GMP水平提高，从而诱发一系列胞内反应，起到调节机体免疫功能的作用。