近亲结婚的孩子会有问题主要与拥有共同致病基因有关。
近亲结婚的夫妻双方往往拥有一个或多个共同的祖先，这意味着他们之间的基因相似性较高。当夫妻双方携带相同的致病基因时，这些基因在后代中相遇并结合的概率就会大大增加，从而导致遗传病的风险增加。
近亲结婚所生育出的孩子容易出现基因缺陷，容易引起一些基因遗传病或先天性畸形，比如先天性心脏病、先天性失明、先天性耳聋、智力低下、白化病、癫痫、小头畸形、先天性聋哑、无脑儿精神分裂症、半乳糖血症、苯丙酮尿症、脊柱裂等疾病。并且近亲结婚，胎儿死亡率也相对较高。
由此可见，近亲结婚的危害是非常大的，从优生优育角度来讲，不建议近亲结婚，并且目前近亲结婚也不会被法律承认。
