连花清瘟胶囊是治疗感冒及流行性感冒的常用药物，其安全性相对较好，只有少数患者可能会出现胃肠道症状、过敏症状等副作用。
1、胃肠道症状：部分患者在服用连花清瘟胶囊后，可能会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、腹胀、反胃、口干等不适症状。因此，服药期间，应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，以免导致症状加重或影响药效。
2、过敏症状：部分过敏及过敏体质者，可能会出现皮疹、瘙痒、头晕等不适症状。严重时可能发生喉头水肿、过敏性休克等危重情况，需要立即进行救治。因此，对本药任何成分过敏者应禁用本药，而过敏体质者应慎用。
3、其他：少数有高血压、心脏病的患者，可能出现头晕、心悸等不适症状。因此，高血压、心脏病患者需慎用本药。
值得注意的是，连花清瘟胶囊可用于治疗流行性感冒属热毒袭肺证，对于出现发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛、舌偏红、苔黄或黄腻等症状者，经中医辨证后，可使用本药治疗。对于儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱、慢性病患者（如肝病、糖尿病、肾病等）及脾虚便溏者应在医师指导下服用。对于体温超过38.5℃或服药3天症状无缓解者，应及时就医治疗。此外，不宜同时服用滋补性中药，以免影响药物疗效。