氟西汀和舍曲林都为选择性5-羟色胺再摄取抑制类抗抑郁药。两种药的作用机制都是通过抑制5-羟色胺的摄取而起到抗精神抑郁的作用。在临床上，舍曲林和氟西汀都能治疗抑郁症，但此外，舍曲林还会用于强迫症的治疗。从疗效上看，舍曲林与氟西汀治疗抑郁症的总体临床疗效相似，但舍曲林更安全有效，不良反应少，耐受性好，起效时间比氟西汀快。
另外，8-18岁的未成年人只有在中重度抑郁发作的情况下可以使用氟西汀，因为它可能影响儿童生长发育，轻度抑郁的儿童患者可选择服用舍曲林进行治疗。服用期间，注意监测孩子的身高、体重、发育等，如发现其中某项低于平均水平，请转诊儿科医生处理。孕期和哺乳期女性谨慎使用本品，建议咨询专科医生，由医生告知用药风险，权衡利弊之后再考虑是否使用。