益生菌并没有明确规定服用时间，即可以空腹服用，也可以在饭后服用。一般情况下，认为空腹服用或者在饭后30~60分钟服用益生菌都能很好地发挥效用。
益生菌的主要作用在于调整和优化肠道菌群的组成，尤其是当患者出现肠道功能紊乱或肠道菌群失调的症状，如大便不成形、腹泻等。吃饭时人体会增加胃酸的分泌。因此，如果在饭后立即服用益生菌，会有更多的菌群被胃酸杀死，最终能够抵达肠道的活菌数量就相对减少，降低益生菌的效果。反之，如果选择在空腹时或者饭后30~60分钟后服用，由于此时胃酸的分泌量和浓度较低，有利于益生菌的顺利抵达肠道并发挥作用。
需要注意的是，患者用药需谨遵医嘱，足量足疗程的使用。益生菌应使用温水送服，并且注意水的温度不应过热，以免高温杀死部分益生菌，减弱药效。如果同时需要服用抗生素，应确保抗生素与益生菌的服用时间至少有4小时的间隔，避免抗生素影响益生菌的效用。如果在连续服用益生菌一个月后，症状仍未得到改善，应及时就医，重新评估病情并调整治疗方案。