褪黑素的安全性相对较高，在医生指导下服用，通常不会引起明显的副作用，但少数情况下，则可能出现神经、消化、精神等系统的异常表现，部分人还会产生依赖性。
1、神经系统：生理情况下，褪黑素是由人体的松果体生成的一种激素，具有控制和调节睡眠醒觉周期的作用。因此，当体内摄入的褪黑素超过正常需要时，则可能会产生可能会扰乱正常的中枢神经系统功能，产生如头晕、头痛、头脑昏沉等不适症状，部分患者还可能出现轻微震颤、意识混乱或定向障碍等症状。
2、消化系统：在摄入外源性的褪黑素后，可能会出现胃部不适的症状，严重时可能会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。
3、精神症状：在使用褪黑素后，有可能会出现情绪低落、焦虑、抑郁等精神心理改变，通常在停药后可自行缓解。
4、产生依赖：如果长期大量补充褪黑素。可能会造成体内褪黑素分泌抑制，因此需要依赖外源性的褪黑素才能保证睡眠和昼夜节律。一旦停用，则会导致难以入睡，以及烦躁等不适症状。
5、其他：有报道称，长期使用褪黑素可能会影响生殖功能、血压变化、中风风险增高、肝肾功能损伤等副作用。
综上所述，尽管褪黑素是目前常用的辅助睡眠产品，但建议由专科医生明确导致睡眠障碍的原因后，并在其指导下适量使用褪黑素来改善睡眠。不建议自我判断或自行用药，以免因使用不当而增加用药风险或导致病情延误，进而给身体造成不必要的伤害。