头上长褐色肉疙瘩的处理方法取决于其性质和原因。这是因为多种原因可以导致褐色肉疙瘩，包括软纤维瘤、丝状疣、脂溢性角化病以及黑素细胞痣等。
1、软纤维瘤：这是一种常见的皮肤良性肿瘤，通常呈现为柔软、光滑的肉色或褐色小疙瘩。小的、无症状的纤维瘤可能不需要特殊治疗，只需定期观察。如果纤维瘤较大、生长速度快或引起症状，医生一般会通过液氮冷冻、激光、电凝固等方法去除瘤体；如果瘤体的基底比较细，还可以直接剪除。
2、丝状疣：丝状疣是由人乳头瘤病毒引起的一种皮肤感染，通常表现为细长、柔软的肉色或褐色突起。丝状疣一般无疼痛或不适，但可能会传染给他人。治疗方法包括药物治疗（如水杨酸软膏、氟尿嘧啶乳膏、咪喹莫特乳膏）、手术治疗、物理治疗（如冷冻、激光、电灼）。
3、脂溢性角化病：这是一种与皮肤老化有关的疾病，表现为皮肤上的褐色或黑色斑块，有时呈现为肉疙瘩状。脂溢性角化病一般无需治疗，只有皮损面积较大，影响美观，或者伴有红肿、瘙痒甚至破溃等症状时，才需进行相应治疗，治疗方法包括冷冻治疗、激光治疗、手术治疗、药物治疗（如25-二羟维生素D3、维A酸）等。
4、黑素细胞痣：黑素细胞痣是由皮肤中的黑素细胞增生形成的良性肿瘤，通常呈现为褐色或黑色的圆形或不规则形状的肉疙瘩。黑素细胞痣大多数为良性，但如果出现变化（如颜色变深、增大、形状不规则等），应及时就医进行病理检查，以排除恶性黑色素瘤的可能性。治疗方法包括手术切除、激光或冷冻治疗。
需要注意的是，如果头上出现褐色肉疙瘩，建议首先前往医院的皮肤科就医进行专业诊断，明确肉疙瘩的性质和原因。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案，患者应遵循医生的建议进行治疗和护理。