偶尔的饿肚子不会造成明显的健康损害，但频繁的饿肚子、饮食不规律可能诱发胆囊结石。
胆囊是储存胆汁的结构，肝脏制造的胆汁大部分贮存在胆囊中，当人体摄入食物后，会刺激肠黏膜，传递信号给胆囊，让胆汁排出，开始消化吸收过程。如果胆囊排空不规律，胆囊内胆汁淤积，可能发生沉积形成结石，如果胆汁内各成分比例失调，也会因结晶析出形成结石。
我国官方《胆囊结石诊疗指南》中，将不吃早餐列入胆囊结石的发病危险因素。这是因为前一天晚餐和第二天早餐间隔较长，胆汁在胆囊中储存、浓缩的时间本来就已很久，如果再不吃早餐，很容易扰乱胆囊的排空规律，造成胆汁淤积，引起结石。也就是说，不管是早饭、午饭还是晚饭，只要是空腹过久饿肚子、饮食不规律，都可能增加患胆结石的风险。
此外，饿肚子也会导致营养不良、血糖波动，引起胃酸过多、胃痛、便秘或腹泻等消化系统问题，对身体健康有多方面的不良影响。因此，应保持规律的饮食习惯，选择营养均衡的食物，并确保充分的能量和营养素摄入。