胎儿淋巴囊肿是否会自愈，不能一概而论，具体应根据是否合并其他畸形、引起原因等因素而确定。胎儿淋巴囊肿通常是由于胎儿淋巴发育异常导致淋巴系统回流障碍，使淋巴液梗阻聚集于淋巴管某一位置导致的，还可能与胎儿染色体异常、基因发育异常以及多发畸形等原因有关。
1、一般不会自愈的情况：绝大多数的胎儿淋巴囊肿会合并其他的结构畸形，因此一般无法自行吸收。而且，部分胎儿可能同时合并染色体核型异常，如21-三体综合征、18-三体综合征等，从而导致不良预后。
2、可能会自愈的情况：如果胎儿淋巴囊肿未合并其他畸形，则可能会被自行吸收。若未被吸收，则可在出生后通过手术等方法解除淋巴囊肿的封闭情况，达到治愈。
需要提醒的是，一旦发现胎儿淋巴囊肿，则应及时在医生的指导下，完善染色体核型检查、基因检测以及胎儿心脏超声等检查，以全面评估胎儿的状况，然后决定后续的治疗方案，从而尽量改善预后。