患者不能长期服用人参健脾丸，毕竟是药三分毒，绝大部分药物都是不建议长期服用的。
人参健脾丸常见的疗程是一个月到三个月，用药后如果感觉身体已经康复，可以停止服用；如果感觉还没有康复，可以继续服用。尽管本品对于人体的副作用比较少，但是大部分药物都需要经过肝脏代谢，长期用药会给肝功能带来一定的负担，在长时间使用后，一定要停止用药，让肝脏有一个调整修复的过程。如果吃了很长时间症状仍然没有改善，可能是药不对症，需要重新选择药物治疗。
需要注意的是，感冒发热患者不适宜服用人参健脾丸，否则会影响感冒的治疗。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重的患者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女，不要自己服用，应在医师指导下服用。
由于人参与藜芦、五灵脂、皂荚存在配伍禁忌，合用时能产生或增强毒性反应，或使药物功效降低，所以服用人参健脾丸时不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂。另外，不要喝茶和吃萝卜，以免影响药效，饮食上还要清淡一些，少吃油腻的食物，多吃蔬菜水果，避免吃生冷、辛辣、刺激性食物。
