人参健脾丸适用于脾胃虚弱证的人，可表现有面色萎黄、消化不良、胃部胀满、反酸、肠鸣、腹泻、不愿意吃东西、神情倦怠等症状。临床多用于慢性胃肠炎、十二指肠溃疡、消化不良性腹泻、胃肠功能紊乱、过敏性结肠炎、营养不良等属脾胃虚弱、运化失常的患者。
需要注意的是，感冒发热者不适宜服用人参健脾丸。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重的患者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女，不要自己服用，应在医师指导下服用。
由于人参与藜芦、五灵脂、皂荚存在配伍禁忌，合用时能产生或增强毒性反应，或使药物功效降低，所以服用人参健脾丸时，不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂，如三七血伤宁胶囊（含藜芦）、沉香舒气丸（含五灵脂）、平消胶囊（含五灵脂）。也不要喝茶和吃萝卜，以免影响药效。饮食上要清淡一些，少吃油腻的食物，多吃蔬菜水果，避免吃生冷、辛辣、刺激性食物。