一般服用人参健脾丸一周左右就会见到疗效，常见的疗程是一个月到三个月。用药后如果感觉身体已经康复，可以停止服用；如果感觉还没有康复，可以继续服用。本品对于人体的副作用是比较少的，但如果吃了很长时间后症状仍然没有改善，可能是药不对症，需要重新选择药物。没有脾胃虚弱症状的患者，长期服用本品反而会出现口干、鼻干、便秘等上火的表现。
人参健脾丸是改善胃肠系统疾病的常用中成药，具有健脾益气、和胃止泻的功效，用于治疗脾胃虚弱引起的面色萎黄、消化不良、胃部胀满、反酸、肠鸣、腹泻、不愿意吃东西、神情倦怠等症状，多用于慢性胃肠炎、十二指肠溃疡、消化不良性腹泻、胃肠功能紊乱、过敏性结肠炎、营养不良等属脾胃虚弱、运化失常的患者。
感冒发热患者不适宜服用人参健脾丸，因会影响感冒的治疗。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重的患者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女，不要自己服用，应在医师指导下服用。
由于本品含有人参，不宜与藜芦、五灵脂、皂荚或分别含有这三药的制剂合用，如三七血伤宁胶囊（含藜芦）、沉香舒气丸（含五灵脂）、平消胶囊（含五灵脂），以免产生毒副作用或者降低药效。也不要喝茶和吃萝卜，以免影响药效。饮食上要清淡一些，少吃油腻的食物，多吃蔬菜水果，避免生冷、辛辣刺激性食物。