使用人参健脾丸要注意，非体虚的人最好不要服用，否则可能出现心火旺盛导致的便秘、口舌生疮、口干咽燥等上火症状。高血压、心脏病、肾病以及肝病等慢性病的患者，不宜自行用药，对于这些患者来说，吃人参健脾丸容易出现副作用，如果必须使用，需要在医生的指导下用药。另外，感冒发热患者也不适宜服用本品，否则会影响感冒的治疗。
如果人参健脾丸是用于脾气虚所导致的腹胀、不思饮食、肢体倦怠、神疲乏力，那么可以在饭前服用，这样有利于药物的吸收，能够更好地发挥药效，有助于疾病的治疗。如果脾气虚进一步加重，出现了脾胃虚寒的症状，比如腹泻、腹痛、恶心呕吐等，或者是用于胃溃疡、十二指肠溃疡的患者，那么建议在饭后服用，以减少药物给胃肠道带来的负担，以及对溃疡面的刺激。
由于本品含有人参，不宜与藜芦、五灵脂、皂荚或分别含有这三药的制剂合用，如三七血伤宁胶囊（含藜芦）、沉香舒气丸（含五灵脂）、平消胶囊（含五灵脂），以免产生毒副作用或者降低药效。也不要喝茶和吃萝卜，以免影响药效。饮食上要清淡一些，少吃油腻的食物，多吃蔬菜水果，避免生冷、辛辣刺激性食物。
服药4周后，如果症状没有缓解，可能是药不对症，应去医院就诊，以免耽误治疗。此外，长时间服用人参健脾丸，容易出现口干、鼻腔干燥、流鼻血、便秘等。如果服用期间出现副作用，建议停药，停药后症状不见好转，需要到正规医院做相关检查。