辅酶A属于辅酶类药物，其安全性相对较好，多数患者不会出现副作用，但少数患者可能会出现全身反应、皮肤反应、消化系统反应、免疫系统反应、呼吸系统反应、心血管系统反应、神经系统反应等副作用。
1、全身性反应：主要包括寒战、胸痛、发热、高热、疼痛、乏力等不适症状。
2、皮肤反应：部分患者可能会出现皮疹（斑丘疹、荨麻疹、红斑疹等）、瘙痒、出汗增加、潮红等症状。
3、消化系统反应：部分患者可能会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、口干等症状。
4、免疫系统反应：部分患者可能会出现过敏样反应、过敏反应、输液反应、过敏性休克等免疫系统功能紊乱的表现。
5、呼吸系统：部分患者可能会出现呼吸困难、呼吸急促、咳嗽、通气过度、喉头水肿等症状。
6、心血管系统：部分患者可能会出现心悸、紫绀、高血压、心动过速、低血压等异常表现。
7、神经系统：部分患者可能会出现头晕、头痛、感觉消退、肌肉不自主收缩、震颤等症状。
8、其他：除上述副作用外，部分患者还可能会发生静脉炎。
值得注意的是，辅酶A主要用于白细胞减少症、原发性血小板减少性紫癜及功能性低热的辅助治疗。由于这些疾病常可伴有上述不适症状或异常表现，因此建议患者遵医嘱用药，用药期间密切监测病情变化，如果治疗后症状没有明显缓解，或原有症状加重，或出现新的不适症状者，均应及时向专科医生报告，由医生来判断是否为药物副作用，以及是否需要调整或更改治疗方案。
