子宫内膜异位症疼痛的部位多出现在下腹部、腰骶部、盆腔部位，有时还伴有会阴部、肛门、大腿部的疼痛等。疼痛是子宫内膜异位症的一个最典型的临床表现，而疼痛的部位主要是依据子宫内膜异位的位置而定。子宫内膜异位症最常发生的部位是盆腔的一些生殖器官，如子宫、输卵管、卵巢等，因此，其疼痛的部位主要分布在下腹部或中下腹部。

通常子宫内膜异位症的疼痛，主要表现为以痛经为主，月经期疼痛的部位可以分布在下腹正中，或腰骶部、大腿、会阴、肛门等。

子宫内膜异位症的病灶大小与疼痛的关系不明确，疼痛和异位病灶的大小不一定会成正比，且患者也未必一定会发生疼痛。据相关调查显示，70%左右子宫内膜异位症的患者会发生疼痛，而有30%左右的患者没有疼痛，所以单纯以疼痛作为子宫内膜内异症诊断的标准是不准确的。