子宫内膜异位症发生的原因非常复杂，发病机理尚不明确，目前主要有以下几种解释：

1、种植学说

此种学说认为子宫内膜异位症主要由经血逆流所致。正常的月经是子宫内膜脱落出血，通过宫颈、阴道流到体外，经血逆流会使子宫内膜逆流，子宫内膜通过输卵管到盆腔异位种植。此外，医源性因素如剖腹产手术，可能会导致子宫内膜异位到刀口或腹壁等，发生子宫内膜异位症。

2、免疫学说

当机体免疫力低下时，子宫内膜发生迁移，从子宫腔内异位到其他部位，导致子宫内膜异位症。

3、遗传因素

子宫内膜异位症的病人里，有家族史的病人发生率比较高。

4、环境因素

环境污染可能与子宫内膜异位症的发生有关，目前临床研究证实如二噁英这类毒素，可能会引起子宫内膜异位症。