麒麟丸用于肾虚精亏、气血不足所引起的腰膝酸软、倦怠乏力、面色苍白或晦暗无光泽、男子精液清稀、阳痿早泄、女子月经不调，也可以用于治疗有上述症状的男子不育症和女子不孕症。但应注意，服用本品期间，需要避免与一些药品同时使用：
1、麒麟丸含有党参、丹参，不能与藜芦或其制剂同时使用，如三七血伤宁胶囊。这属于“十八反”中“诸参辛芍叛藜芦”，即人参、苦参、玄参、南沙参、党参、丹参、细辛、白芍等与藜芦同时使用容易出现严重的毒副反应，所以需要避免合并应用。
2、麒麟丸含有郁金，不能与丁香或其制剂同时使用，如冠心舒通胶囊、二十五味珊瑚丸、牛黄清心丸、珍宝丸等，两者属于中药中的“十九畏”，同时使用容易产生毒副反应。
3、本品与其他药物同时使用，也可能发生相互作用，所以不要自行合用其他药品，如果需要，应提前咨询医师。