黄体酮在一定情况下可以治疗闭经，主要治疗黄体功能不足引起的闭经，也可和雌激素制剂一同作为激素替代疗法的药物治疗闭经。
正常月经周期中，排卵后黄体形成并分泌黄体酮，让处于增生期的子宫内膜转化为分泌期。若未受孕，黄体萎缩，黄体酮水平降低，子宫内膜因失去激素支持而剥脱出血，形成月经。当体内雌激素水平足够，子宫内膜已增生，但因缺乏孕激素闭经时，补充黄体酮可使子宫内膜转变为分泌期。停药后，内膜脱落引发撤退性出血，以此调节月经、治疗闭经。
此外，对于因卵巢早衰、多囊卵巢综合征等疾病导致体内雌激素水平异常时，黄体酮也可与雌激素序贯使用，调节患者体内激素水平，从而恢复规律月经。
需要注意的是，闭经的原因较为复杂，并非所有闭经都能单纯依靠黄体酮来解决。所以用药需要在医生的指导下进行，并且用药过程中需要严格按照医嘱执行，避免出现用药不当造成的副作用和不良反应。