归脾丸中含有甘草，与海藻、大戟、芫花、甘遂属于“十八反”中的配伍禁忌，所以归脾丸与这些中药或含有这些药的制剂不能合用，比如内消瘰疬丸、乳癖消颗粒等。
另外，一般情况下，中西药合用时需要特别注意，归脾丸中含有的中药与西药的相互作用常见的有，甘草可以降低泼尼松、氢化可的松的清除速率，与阿司匹林合用可能导致消化道溃疡，甚至引起消化道出血；当归可减弱红霉素的杀菌作用，增加阿莫西林过敏的发生概率，加重利福平、吲哚美辛对肾脏的毒性，与多西环素、异烟肼合用容易形成络合物，影响吸收，与磺胺类药物合用会析出结晶导致结晶尿、血尿等。
用药期间，最好不要自己再合用其他药物，如果需要可以咨询医师或药师后再使用。