使用归脾丸时首先要注意有口渴、尿黄、便秘等内热表现的患者不适宜服用，这类患者服用很容易出现上火症状。其次，身体不是很虚的患者也不要长期服用，如果症状已经明显改善，就可以停止应用，继续吃药有可能适得其反，造成体内火热堆积，也容易导致上火，出现口干、便秘、面红等症状。感冒的患者也不能使用归脾丸，因为归脾丸是补药，感冒时服用会使感冒加重。
另外，归脾丸中含有甘草，与海藻、大戟、芫花、甘遂属于“十八反”中的配伍禁忌，所以归脾丸与这些中药或含有这些药的制剂不能合用，比如内消瘰疬丸、乳癖消颗粒等。
还要注意，中西药合用时要谨慎，最好不要自己联合用药，如果需要可以咨询医师或药师后再使用。归脾丸中含有的中药与西药的相互作用常见的有，甘草可以降低泼尼松、氢化可的松的清除速率，与阿司匹林合用可能导致消化道溃疡，甚至引起消化道出血；当归可减弱红霉素的杀菌作用，增加阿莫西林过敏的发生概率，加重利福平、吲哚美辛对肾脏的毒性，与多西环素、异烟肼合用容易形成络合物，影响吸收，与磺胺类药物合用会析出结晶导致结晶尿、血尿等。
服药期间还要注意饮食上不能吃难消化、寒凉类食物，如果期间症状加重或出现其他不适等情况，要及时就医。如果用药一个月后症状仍没有缓解，也要及时就医。