正确服用归脾丸的情况下，其副作用比较少见，只是有个别患者服药后出现消化道不适及皮疹。但是，如果症状已经明显改善，继续长时间吃药有可能适得其反，造成体内火热堆积，导致上火症状，如口干、便秘、面红等。
另外，归脾丸适用于心脾两虚的患者，凡是不属于这类的患者，比如有口渴、尿黄、便秘等内热表现的患者，则不适宜服用，否则也会出现副作用。感冒的患者也不能使用归脾丸，因为归脾丸是补药，感冒时服用会使感冒加重。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病患者，儿童、孕妇以及哺乳期妇女，应在医师指导下服用，以免自我用药出现风险。服药期间，注意饮食上不能吃难消化、寒凉类食物，如果期间症状加重或出现其他不适等情况，要及时就医。