人工牛黄甲硝唑胶囊会和某些药品发生相互反应，比如甲硝唑可以抑制华法林和其他口服抗凝药的代谢，使凝血酶原时间延长，可能会引起异常出血、出血不止的情况，影响病情的治疗；甲硝唑与肝微粒体酶诱导剂（如利福平、卡马西平）或抑制剂（如异烟肼、红霉素）合用，会影响代谢，导致药效降低和不良反应增加的情况。
除此之外，甲硝唑还会干扰酒精代谢，任何含酒精的药品都不要吃，如藿香正气水等，当然也包括含酒精的饮品和食物，否则可能出现胃部不适、恶心、头痛等不良反应，甚至造成急性乙醇大量蓄积引发生命危险。
总之，本品为需要医生指导使用的处方药，用药期间使用其他的药物都需要询问医生的意见，避免出现用药风险。