阿莫西林通常不用于治疗支原体肺炎，原因主要在于药物的抗菌机制和支原体的结构特点。
1、阿莫西林的抗菌机制：阿莫西林是β-内酰胺类抗生素，其化学结构中的β-内酰胺环与细菌细胞膜上的青霉素结合蛋白有很强的亲和力，这些青霉素结合蛋白在细菌细胞壁的合成过程中起着关键作用。阿莫西林与青霉素结合蛋白结合后，会干扰细菌细胞壁合成过程中的酶促反应，使细菌细胞壁不能正常合成，从而达到抗菌效果。
2、支原体的结构特点：支原体是一类没有细胞壁的原核细胞型微生物，其细胞膜外没有细胞壁结构。因此，阿莫西林无法破坏其细胞壁，也就无法对支原体产生有效的杀菌或抑菌作用。
由于上述原因，阿莫西林通常不用于治疗支原体肺炎。临床上治疗支原体肺炎，通常首选大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，也可选用四环素类抗生素以及喹诺酮类抗生素。