补中益气丸和人参健脾丸在组成成分、功能主治方面都是有区别的。首先从组成成分上来讲，补中益气丸由黄芪、党参、白术、当归、炙甘草、柴胡、升麻、陈皮组成，人参健脾丸由人参、白术（麸炒）、茯苓、山药、陈皮、木香、砂仁、炙黄芪、当归、酸枣仁（炒）、远志（制）组成。
其次从功能主治方面来说，两者都具有补气健脾的功效，但补中益气丸还具有升阳举陷的作用，可用于治疗中气下陷导致的久泻不止、肛门下坠或脱肛、自觉阴道有块状物脱出、阴道坠胀等；而人参健脾丸更偏向于健脾理气，和胃止泻，主要用于脾胃虚弱，胃气不和导致的食欲不振、脘腹胀满、恶心、呕吐、腹痛、大便不成形等。
从上面的分析可以看出，两药之间还是有很明显的差异的，所以不要把两者混淆了。用药前，要明确自己适合哪种药物，如果自己不能判断，需要先咨询医师或者药师。用药期间，应按照说明书或者医嘱用药，不要擅自更改剂量或者久服。最好也不要自行合用其他药物，避免发生药物间的相互作用，如果需要合用药物，应在医师或药师指导下排除合并用药禁忌。