由于补中益气丸中含有党参，不可以和藜芦或其制剂合用，如三七血伤宁胶囊；本品还含有甘草，也不可以与甘遂、大戟、海藻、芫花或其制剂同时使用，如祛痰止咳颗粒、紫金锭、心通口服液、舟车丸等，这属于中药里面所说的“十八反”的配伍禁忌，一起使用的情况下，很容易发生严重的毒副反应。本品与其他药物一起使用也可能导致药效降低或者产生毒副作用，建议不要自行合用药物，如果需要合并使用，应提前咨询医师或者药师。
本品作为处方药时，需要在医师指导下使用，并凭借医生处方才可以购买。如果您是自行购买的非处方药，药盒上会有OTC的标志，用药前请仔细阅读说明书，明确药物的用法用量、适应症、禁忌症等，并严格按照说明书或医嘱用药。感冒发热的患者应避免使用本品，不然可能导致感冒症状加重。有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重的患者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女，需要在医师指导下使用，不要自行用药，以免发生用药风险。如果用药4周，症状不见缓解，或者用药期间症状加重，或者有其他不适症状，要及时到医院就诊。