甲硝唑不能有效的治疗痘痘。甲硝唑是一种抗菌药，用于治疗厌氧菌的感染、螨虫和滴虫的感染。痘痘的发生机制和表皮的异常过度角化、毛囊孔堵塞、内分泌有关系，和微生物相关的是痤疮丙酸杆菌，而甲硝唑对痤疮丙酸杆菌的作用有限，所以它不能控制致病的微生物，对痘痘的作用也是有限的。
最常见的引起痘痘的原因，是毛囊堵塞和油脂分泌。毛囊堵塞之后才会滋生痤疮杆菌，从而导致发炎，如果毛囊堵塞的问题一直存在，那么痤疮杆菌就会一直滋生，而且很多人在不经意的挤痘过程以及平时个人卫生不达标的情况下，也可能会引起其他一些细菌的感染。所以祛痘首先要解决的问题就是毛孔堵塞，利用含有水杨酸、维A酸、果酸的产品，先把毛孔堵塞的问题解决了，厌氧菌——痤疮杆菌自然就会慢慢减少，之后的毛囊发炎也会随之减轻，那么祛痘的过程就会简单很多。如果这些问题没有解决掉，那么单纯的杀菌，只能是对一小部分痘痘有减轻作用，并不能彻底消除痘痘。