婴儿鹅口疮通常不能自愈。婴儿鹅口疮是由真菌感染导致，常需进行抗真菌治疗，如口腔涂抹制霉菌素等抗真菌药物治疗后，多可获得较好疗效。部分患儿病情顽固或感染严重，可能需全身抗真菌治疗。鹅口疮易反复发作，治疗同时加强口腔护理，可减少疾病复发。