奥美拉唑肠溶胶囊主要用于治疗消化性溃疡、应激性溃疡、反流性食管炎、卓-艾综合征（胃泌素瘤）等疾病。
1、消化性溃疡：包括胃溃疡和十二指肠溃疡。它能减少胃酸对胃和十二指肠黏膜的刺激，促进溃疡愈合，缓解疼痛、反酸、嗳气等症状。一般需要连续服用4~8周，具体疗程根据溃疡的严重程度和愈合情况而定。
2、应激性溃疡：多由严重创伤、大手术、严重感染、休克等应激因素引起。奥美拉唑肠溶胶囊可预防和治疗应激状态下胃酸分泌增加导致的胃黏膜损伤，保护胃黏膜，降低应激性溃疡的发生风险及出血等并发症的发生率。
3、反流性食管炎：能抑制胃酸分泌，减轻胃酸反流对食管黏膜的刺激和损伤，缓解烧心、反流、胸痛等症状。通常需要长期维持治疗，以防止食管炎复发。
4、卓-艾综合征：这是一种由胃泌素瘤引起的疾病，导致胃酸分泌过多。奥美拉唑肠溶胶囊可通过强力抑制胃酸分泌，控制症状，减少胃酸对胃肠道的损害。一般需要较大剂量且长期服用，以维持胃酸在较低水平。
此外，奥美拉唑肠溶胶囊还可用于上消化道出血的辅助治疗，通过抑制胃酸分泌，提高胃内pH值，促进血液凝固和止血，同时防止再出血。在幽门螺杆菌感染的治疗中，它常与抗生素联合使用，作为质子泵抑制剂的一种，为抗生素发挥作用提供适宜的环境，提高幽门螺杆菌的根除率。