甲硝唑可以治疗某些妇科病，女性滴虫性阴道炎、细菌性阴道炎等非真菌性阴道炎以及宫颈炎、盆腔炎都可以用甲硝唑进行治疗。因为甲硝唑是一种抑制厌氧菌的药物，而阴道、盆腔内的致病菌类大多数都是厌氧性的细菌，因此吃甲硝唑可以抑制这类细菌，起到消炎止痛的作用。另外，甲硝唑也有栓剂，主要应用方法为局部用药，即进行阴道给药。
甲硝唑作为处方药，其副作用和服药禁忌也不少，所以必须在医生指导下，遵医嘱使用。在选择用药治疗的时候，应该先做个白带常规检查，确诊致病菌之后再选择用药，以免破坏阴道菌群以及阴道的弱酸环境，导致阴道炎反复发作，甚至出现上行性感染，诱发宫颈炎或者是子宫内膜炎。
需要注意的是，甲硝唑会抑制乙醇的代谢，服用甲硝唑期间饮酒的话，可能会有类似双硫仑样反应，出现胃部不适、恶心头痛等不良反应，还可能会造成急性乙醇大量蓄积引发生命危险。因此服用甲硝唑期间不仅不要饮酒，任何含酒精的药品和食品最好都不要食用，如藿香正气水等。另外，服用甲硝唑后，您可能会出现犯困、打瞌睡的情况，所以，在服用药物后，最好不要从事需要高度警觉的活动，如服药后开车，否则容易因为疲劳驾驶而引发事故。