甲硝唑只治疗特定病原菌感染所致的尿道炎，比如滴虫感染或者厌氧菌感染。
尿道炎一般是由于喝水少、不洁性生活或临近器官的感染导致的。而尿道炎的病原体可能有衣原体、支原体、淋球菌、疱疹病毒、滴虫、念珠菌等微生物感染，最常见的尿路感染细菌为大肠埃希氏菌、肺炎克雷白杆菌等，或者霉菌，对这些细菌和微生物引起的感染，甲硝唑没有治疗效果，需要使用其他的抗菌素进行治疗，所以甲硝唑并不是尿道炎首选的治疗药物。
甲硝唑更适用于女性妇科的滴虫感染治疗，比如细菌性阴道炎，阴道滴虫病，都可以用甲硝唑。除了吃药外，患者生活中应注意保持良好的个人卫生习惯，勤洗手、勤洗内裤，平时多喝水、多排尿等，这样有助于疾病的康复，同时也要避免不洁性生活，避免吸烟与饮酒，养成规律作息，少吃辛辣油腻的食物，适当的运动，从而提高自身免疫力，避免尿道炎复发。