藿香正气胶囊用于儿童时，需要在医师指导下服用，一般10岁以上18岁以下的儿童，每次一粒，一日两次；10岁以下的儿童，一次一粒，一日一次。但是，胶囊剂是适用于成人的剂型，儿童服用胶囊剂容易噎到，甚至引起窒息，因此儿童可以选择藿香正气合剂。不建议家长自己给孩子用药，最好在咨询医生后再使用。
服用藿香正气胶囊或合剂期间，饮食宜清淡，不宜同时服用滋补性中成药，可能会加重自身症状。服药三天后，如果症状没有改善，或出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。
儿童为特殊群体，他们正处于生长发育过程中，其生理特点与成人不同，肝、肾等其它脏器相对成人来说比较弱，在选择用药时需考虑药物对肝肾的影响，所以他们的用药并不是成人的缩小版，建议家长在给孩子用药时，尽量先去医院与医生进行沟通，将孩子的情况跟医生说明后，遵从医嘱，准确用药。