甲硝唑主要用于治疗或预防由厌氧菌引起的感染，用途广泛，可治疗多种疾病。最开始是用于治疗女性的阴道滴虫病，效果显著。现在，在口腔医学上，甲硝唑是一线用药，常用于智齿冠周炎，也就是智齿牙冠周围的软组织炎症。
此外，甲硝唑还用于身体多个部位的厌氧菌感染，包括用于皮肤方面的炎症性丘疹、脓庖及酒渣鼻红斑；妇科方面的滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎、细菌性阴道炎、老年性阴道炎、淋病双球菌感染以及宫颈炎、盆腔炎；口腔方面的牙龈炎、牙周炎、冠周炎及口腔溃疡等等；对败血症、破伤风、心内膜炎等病症也有效。甲硝唑的剂型也众多，有片剂、注射剂、栓剂、洗剂、凝胶剂等，可以全身作用，也可以局部作用，您可以在医生指导下根据具体需求来应用相应的剂型。
甲硝唑作为处方药，其副作用和服药禁忌也不少，所以必须在医生指导下，遵医嘱使用。在选择用药治疗的时候，通常先做个白带常规检查，确诊致病菌之后再选择用药，以免破坏阴道菌群以及阴道的弱酸环境，导致阴道炎反复发作，甚至出现上行性感染，诱发宫颈炎或者是子宫内膜炎。
在使用甲硝唑治疗期间，饮食方面要注意清淡，过于辛辣刺激以及鱼腥海鲜等食物要尽量地避免。而且，甲硝唑会抑制乙醇的代谢，服用甲硝唑期间饮酒的话，可能会有类似双硫仑样反应，出现胃部不适、恶心头痛等不良反应，甚至会造成急性乙醇大量蓄积引发生命危险。所以，服甲硝唑期间，不仅要戒酒，任何含酒精的药品和食品最好都不要食用，如藿香正气水等。