藿香正气软胶囊不适用于风热感冒或阴虚火旺的患者，风热感冒患者表现为发热重、鼻塞、流鼻涕（黄涕或者浊涕）、打喷嚏、咳嗽、咽干、喜欢喝冷饮等。阴虚火旺患者的症状以头晕、耳鸣、五心烦热（自觉手足心热、心胸躁热）、潮热（每日某个特定时间自觉热感从面或胸蔓延至全身）、盗汗（夜间入睡后汗出，醒后汗止）为主。另外，高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者，应在医师指导下服用本品。
藿香正气软胶囊常用于外感风寒，内伤湿滞证的感冒，表现为怕冷、头痛、头昏、胸闷、呕吐、腹泻、腹胀以及周身沉重等，现代医学用于胃肠型感冒、急性肠胃炎。用药前一定要先明确自己是否适合服用本品，只有对症用药才能发挥药物的疗效，否则可能增加用药风险。
服药期间饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物；不宜同时服用滋补性中成药，可能会加重自身症状。服药三天后，如果症状没有改善，或出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。