藿香正气软胶囊中含有甘草、半夏，从中药配伍禁忌上来说，甘草与海藻、大戟、芫花、甘遂，半夏与川乌、草乌、附子，属于“十八反”的内容，所以与这些药物或含有这些药物的中成药不能合用，比如内消瘰疬丸（含海藻）、乳癖消颗粒（含海藻）、祛痰止咳颗粒（含甘遂）、附子理中丸（含附子）、小金胶囊（含草乌）等。
另外，由于中成药的成分比较复杂，与西药之间可能发生的相互作用也很复杂，所以二者最好要避免同时服用，如果需要联合用药，建议先咨询医师或药师，以免药物之间相互影响疗效或增加药物副作用。
藿香正气软胶囊可以用于外感风寒，内伤湿滞证的感冒，表现为怕冷、头痛、头昏、胸闷、呕吐、腹泻、腹胀以及周身沉重等，现代医学用于胃肠型感冒、急性肠胃炎。用药前一定要先明确自己是否适合服用本品，只有对症用药才能发挥药物的疗效，否则可能增加用药风险。
服药期间饮食宜清淡；忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物；不宜同时服用滋补性中成药，可能会加重自身症状。服药三天后，如果症状没有改善，或出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。如果服药后症状好转，最好及时停药，不要长期服用。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者，应在医师指导下服用。