藿香正气水不建议用来洗头，如果是用于治疗头癣，可以涂搽患处。藿香正气水当中含有很多酒精，所以有一定的刺激性，如果用于洗头，很容易刺激头皮，引发过敏现象，很有可能会出现头皮瘙痒、红肿、起疹子等表现，有时候也会加重头皮干燥、脱皮，因为酒精有一定的挥发作用，会挥发掉头皮表面的水分。另外，酒精挥发的时候，会感觉头皮凉凉的，如果没有做好保暖工作，就容易导致头部受寒，引起感冒。
藿香正气水口服常用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，以及胃肠型感冒，表现为怕冷、头痛、头昏、胸闷、呕吐、腹泻、腹胀以及周身沉重等。此外还可以外用，治疗头癣、手足癣、灰指甲、足癣、外阴瘙痒、湿疹、蚊虫叮咬、白癜风、婴幼儿腹泻等。
口服时用药前一定要先明确自己是否适合服用本品，只有对症用药才能发挥药物的疗效，否则可能增加用药风险。服药期间饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物；不宜同时服用滋补性中成药，可能会加重自身症状。服药三天后，如果症状没有改善，或出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。
本品含有毒性中药生半夏，应严格按用法用量服用，不宜过量或长期服用。用药后如出现不良反应或其他不适时应停药，症状严重者应及时去医院就诊。
还需要特别注意的是，本品含酒精，有服用后出现过敏性休克的病例；酒精与头孢菌素类、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药联合使用，可出现双硫仑样反应（主要表现为颜面潮红、头痛、恶心、呕吐、心悸、血压下降、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等）。此外，需要开车的朋友要慎重服用，避免有酒驾的嫌疑，建议感冒的患者最好不要开车。