甲硝唑和奥硝唑都属于硝基咪唑类药物，其中奥硝唑属于第三代，甲硝唑属于第一代，都主要针对厌氧菌和滴虫相关的感染性疾病。
在临床效果上，奥硝唑比甲硝唑对厌氧菌的活性更强，治疗效果更好一些。不良反应方面，奥硝唑引起的副作用更轻微、更少一些，甲硝唑常引起胃痛、恶心、呕吐、口中有金属味等胃肠道反应，奥硝唑的胃肠道反应则较少。从代谢来看，口服奥硝唑的血浆消除半衰期约为14小时，甲硝唑相对要短一些，也就是代谢得更快一些，因此相对来讲，奥硝唑一天内用药次数一般少于甲硝唑用药次数，对患者来说更方便。
临床上，甲硝唑用于肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等），还可治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等。奥硝唑用于治疗男女泌尿生殖道毛滴虫/贾第氏鞭毛虫感染引起的疾病、肠/肝变形虫感染引起的疾病，也预防和治疗各科手术后厌氧菌感染等。所以两者在适用病症上还是比较相似的，但也有细微差距，你的疾病具体适合哪种疾病的治疗，还需医生进行专业判断来决定，大家不要自行随便决定用药。