临床上，甲硝唑和替硝唑都属于硝基咪唑类药物，其中，甲硝唑是第一代硝基咪唑类药物，替硝唑是第二代。
替硝唑对于各种常见的厌氧菌或者滴虫病、阿米巴病等都具有明显的杀灭作用，而且活性比甲硝唑强，临床治疗效果相对更好。不良反应方面，替硝唑的不良反应相对少见且轻微，如头痛、头晕、皮肤瘙痒、恶心、呕吐等，甲硝唑则常见消化道和神经反应，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛、头痛、眩晕、感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等。
临床上，甲硝唑用于肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等），还可治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等。替硝唑用于治疗滴虫病，贾第鞭毛虫病，阿米巴病，细菌性阴道炎，与抗生素和抗酸药联合应用用于根治幽门螺旋杆菌相关的十二指汤溃疡，厌氧茵感染，预防由厌氧菌引起的术后感染，如结肠、胃肠道和泌尿生殖系统手术后感染。
所以两者在适用病症上还是比较相似的，但也有细微差距，你的疾病具体适合哪种疾病的治疗，还需医生进行专业判断来决定，大家不要自行随便决定用药。