甲硝唑的用法需要在医生诊断后，根据所采用的甲硝唑剂型来决定。甲硝唑有很多种剂型，包括片剂、口颊片剂、注射剂、栓剂、洗剂、阴道泡腾片剂、凝胶剂等等，可以全身作用，也可以局部作用，医生会根据你的疾病具体需求，来为你决定合适的剂型，相应的用药方法也就基本确定了。
如栓剂，需要经阴道给药；口颊片要置于牙龈和龈颊沟间含服（用于口腔溃疡时粘附于黏膜患处）；软膏剂通常就涂于患处；注射剂要在有相应医疗条件的机构，由专业护理人员通过注射给药等等。但甲硝唑作为处方药，无论是哪种剂型，都需要由医生指导用药，大家不可以随意选择用药。
需要注意的是，口服甲硝唑时，避免饮酒或含酒精的饮料，因为甲硝唑会抑制乙醇的代谢，与酒精作用可能导致面色潮红、身体出汗、心慌、胸闷等类似双硫仑反应的症状出现，严重时可能会出现昏迷的情况。
服用甲硝唑后，部分患者会出现犯困、打瞌睡等注意力不集中症状，此时，最好不要从事需要高度警觉的活动，如开车、操作精密仪器、高空作业等。对于甲硝唑的局部外用制剂，长期大量使用经粘膜吸收后，也可能产生与全身用药相似的作用，所以用药期间最好也要避免饮酒和开车等危险行为。