石斛的保存应依据其形态（干品与鲜品）采取不同的储存方法。
一、石斛干品的保存原则
1、干石斛的特性：干石斛是经过晒干或烘干等处理后的中药材，水分含量较低，利于长期保存。但由于其具有一定的吸湿性，若储存环境潮湿或通风不良，容易吸潮回软、发霉、虫蛀，不仅影响药材的外观与气味，还可能降低药效，甚至产生毒素。
2、保存方法：干石斛应储存在通风、干燥、阴凉的环境中，如高处架子、专用药材柜或干燥的抽屉内。为进一步防潮，可采用密封袋、玻璃瓶、塑料盒等容器进行密封保存，必要时可放入干燥剂。
二、石斛鲜品的保存原则
1、鲜石斛的特性：鲜石斛是未经干燥处理的新鲜药材，含有较高的水分，药效成分鲜活，但其含水量高的特性也使其极易失水、萎蔫、变质，因此保存时需特别注意保持一定的湿度与低温，以维持其鲜活状态与药效。
2、保存方法：为防止鲜石斛失水，可将其置于阴凉、通风且湿度适中的环境中，如冰箱的蔬果格（4~10℃），或者用湿润的纸巾或布包裹后装入塑料袋中（留小孔透气），以模拟其自然生长环境，延缓水分流失。此外，鲜石斛对低温敏感，温度过低（如低于0℃）易导致结冰，破坏细胞结构，使药效下降，因此必须防冻。
总之，石斛的保存应根据其干鲜形态采取不同策略。科学合理的储存能最大程度保持其药效与品质。