喝完藿香正气水后最好避免喝酒。藿香正气水含有40%-50%的乙醇，本身含有的酒精含量就比较高，所以喝了藿香正气水之后最好不要马上喝酒，否则会使体内的酒精含量迅速升高，使人出现头晕、头痛等症状，情况严重的还会出现醉酒、酒精中毒的危险，损害人体的胃肠道，可能还会引起肠胃炎等疾病。一般来讲，藿香正气水在体内消除的速度比较慢，为了身体的健康，最好是24小时之后再喝酒比较好。
服用藿香正气水期间饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，也不宜同时服用滋补性中成药，不然可能会加重自身症状。服药三天后，如果症状没有改善，或用药期间出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。本品含有毒性中药生半夏，应严格按用法用量服用，不宜过量或长期服用。
还需要特别注意的是，本品含酒精，有服用后出现过敏性休克的病例，对酒精或本品任一成分过敏的患者应避免使用。酒精与头孢菌素类（如头孢氨苄、头孢呋辛、头孢他啶等）、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药联合使用，可出现双硫仑样反应（主要表现为颜面潮红、头痛、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等），所以服用本品期间最好不要再合用其他药物，如果需要，应提前咨询医师或者药师。